Uppruni skaðaminnkunar á rætur að rekja til grasrótarstarfs fólks sem notar vímuefni, í byrjun níunda áratugar. Á þeim tíma voru notendur vímuefna að bregðast við ákveðnu sinnuleysi stjórnvalda og þeirri brennimerkingu sem þau urðu fyrir af hendi samfélagsins. Notendur vímuefna, meðal annars í Hollandi, Kanada og Bandaríkjunum, skipulögðu sig sjálf og settu á laggirnar inngrip og stuðning til að stuðla að heilbrigði, öryggi og velferð fólks sem notar vímuefni. 

Fyrsta nálaskiptiþjónustan var sett á laggirnar í Rotterdam í Hollandi af notendasamtökunum Junkiebond árið 1981 og var hún starfrækt ólöglega og neðanjarðar fyrstu árin.

Seinna meir þróaðist skaðaminnkandi aðferðafræði upp í heilbrigðis- og félagskerfið og síðar til stjórnvalda, eftir að niðurstöður sýndu að inngripin voru að skila jákvæðum árangri. Inngripin drógu meðal annars úr smitsjúkdómum, sýkingum og dauðsföllum og juku tengsl notenda vímuefna við heilbrigðis- og félagskerfið.

Alþjóðlegu skaðaminnkunarsamtökin (e. Harm reduction international) voru stofnuð í Liverpool í Bretlandi árið 1996. Hlutverk samtakanna er að sinna rannsóknum, greiningu og víðtæku málsvarastarfi sem tengist skaðminnkun og gagnreyndri vímuefnastefnu.